Lebende Organismen sind wichtige Verursacher von Baumkrankheiten. Oft stehen sie in direktem Kontakt mit dem Baum und ernähren sich von ihm. Zu ihnen gehören Pilze, Insekten, Bakterien oder Viren. Es wird unterschieden zwischen Parasiten (Organismen, welche die lebende Substanz angreifen und das Potenzial haben, einen Baum oder Teile davon zu zerstören) oder Saprophyten (Organismen, welche tote Substanz besiedeln und abbauen).